Un 27 de marzo del año 2014, fue la última vez que su familia lo vio con vida, al salir de su casa a cumplir sus labores. El director de Regalías de Córdoba, Jairo Alberto Zapa Pérez, de 36 años, desapareció de una vivienda del barrio La Castellana, norte de Montería, donde fue citado a una supuesta reunión de trabajo. Sus restos fueron hallados cuatro meses después en una fosa ubicada en un predio rural de Pueblo Nuevo, en la subregión del San Jorge, muy cerca de una propiedad del papá del exgobernador Alejandro Lyons. Luego que uno de los detenidos Por el crimen condujo a la Fiscalía hasta el sitio.
Según las primeras investigaciones se conoció que Jairo Zapa habría sido asesinado el mismo dia de sus desaparición.
También se conocieron detalles de la forma cómo fue asesinado por parte de Joise Hernández, alias El Mono, un desmovilizado del bloque Centauros de las Auc y según la Fiscalía, sicario, con antecedentes por tráfico de armas.
Joyce Hernández junto a su novia Zuan López, alias La Mona, habrían sido contratados por Jesús Torres Redondo quien a su vez recibió la orden de parte Jesús Henao Sarmiento, exitoso contratista en varias regiones del país quien habría sido favorecido con un proyecto millonario, del cual supuestamente se beneficiarían Zapa y Carlos Pérez, pero para no pagarles su parte, lo mandó a asesinar. Tanto Joyce como su novia Zuan llegaron a Montería provenientes de Santa Marta a cometer el ilícito por el cual Joise habría recibido la suma de 10 millones de pesos.
El cadáver de Zapa Pérez apareció sepultado en un costal. Su fosa fue hallada gracias a la colaboración de Joyce Rafael Hernández, quien estando en prisión confesó haber cometido el crimen, por el que están detenidos un grupo de funcionarios y contratistas entre ellos Jesús Albeiro Torres Redondo, Joyce Rafael Hernández Muñoz, Zuan Naidú López Acevedo, así como con la de Maximiliano García Bazante, funcionario de la oficina de regalías, Jesús Ignacio Henao Sarmiento y Carlos Alberto Pérez Escobar, compañeros de trabajo de Zapa Pérez, el último primo hermano de Jairo Zapa. Todos ellos habrían sido las últimas personas que estuvieron con la víctima.
El testigo confeso Joyce Rafael Hernández Muñoz, dijo que el crimen ocurrió por un incidente pasional y luego tuvo serias dificultades para dar con el punto en el que decía haber inhumado el cadáver. Además, no resulta nada claro por qué el crimen de Zapa se cometió a kilómetros de donde fue hallado ni cómo es que el cuerpo fue trasportando únicamente por Hernández en una moto.
Así las cosas, tras el tercer año de la desaparición y asesinato del ingeniero lo único evidente para la Fiscalía es que el crimen oculta entramado de corrupción. Teniendo en cuenta que todo apunta que su muerte estría relacionada con su trabajo.
Tal versión tomó fuerza con lo ocurrido a la familia de la víctima y a sus abogados. Quienes recibieron amenazas en Montería por la posición asumida frente al caso “No quiero que haya impunidad en este caso, así caiga quien tenga que caer pues a mi esposo lo mataron por el ejercicio de sus funciones como director de la Oficina de Regalías de la Gobernación de Córdoba”, dijo a los medios de comunicación Valencia en agosto de 2014.
La viuda tuvo que salir del país porque su vida corría peligro. Igual suerte corrieron los padres de la víctima Fausto Zapa y Myriam Lucía Pérez de Zapa quienes salieron de Córdoba después que varios hombres armados ingresaron a su casa en el barrio Seis de Marzo de Montería y los intimidaron, mientras buscaban afanosamente documentos. La familia debió separarse ya que Iván Darío, Elkin Rafael y Katia Zapa Pérez, los cuatro hermanos de la víctima también fueron amenazados y ahora están ocultos.
A pesar de toda esta situación el proceso no ha sido trasladado de Montería a Bogotá. Mientras tanto la defensa de Jesús Ignacio Henao Sarmiento pidió su libertad por vencimiento de términos.
La situación mereció recientemente el pronunciamiento del Comité contra la Desaparición Forzada de Naciones Unidas en el que cuestiona que la Unidad Nacional de Protección en Colombia haya ponderado como “de ordinario” el nivel de riesgo de la familia Zapa, negándose con ello a ofrecerles algún tipo de esquema que garantice su seguridad, tal como ocurrió también con sus abogados Juan Felipe Amaya y Claudia Durán Garzón.