La Jurisprudencia Especial para la Paz (JEP), ha imputado al general Mario Montoya Uribe por 130 casos de falsos positivos. Los cargos que se le atribuyen son crímenes de guerra y de lesa humanidad.
El general Montoya Uribe se le señala de mentir sobre el número de bajas, encubrió casos de extralimitación del uso de la fuerza, presionó a los miembros de las unidades militares bajo su mando para obtener bajas en combate.
Igualmente, se le acusa de usar lenguaje violento que exaltaba el derramamiento de sangre y ordenar que no se reportaran capturas por considerarlas resultados operacionales indeseados.
La decisión fue desarrollada por la Sala de Reconocimiento de Verdad y de Responsabilidad, en contra del excomandante del Ejército Nacional, a quien se le acusa por 130 asesinatos de falsos positivos y desapariciones forzadas perpetrados entre el 2002 y el 2003, cuando él era oficial comandante de la IV Brigada, con sede en Medellín.
Los tenientes coroneles (r) Julio Alberto Novoa Ruiz e Iván Darío Pineda Recuero, además de cuatro subtenientes, un teniente y un soldado regular, todos antiguos integrantes del Batallón de Infantería No. 4 ´Jorge Eduardo Sánchez´ (BAJES) y retirados del Ejército Nacional, fueron imputados por esos mismos crímenes.