Después de 18 meses de investigaciones, las autoridades no han resuelto qué pasó realmente y quienes fueron los verdaderos autores intelectuales del homicidio del ex director de regalías del departamento de Córdoba Jairo Zapa Pérez. Ahora se cree que uno de los motivos por los cuales se dio la captura del fiscal Gustavo moreno fue precisamente por extorsionar al ex gobernador Alejandro Lyons Muskus con respecto a dicho caso.
En el homicidio se establecieron seis responsables que fueron detenidos un mes y cinco días después del asesinato, el 1 de mayo de 2014. Ellos son, Jesús Henao, el contratista y presunto determinador del homicidio; Maximiliano García Bazanta, subdirector de la oficina de Regalías; Carlos Pérez Escobar, primo de Zapa, abogado de la dirección de Regalías; Jesús Albeiro Torres, funcionario de la Unidad de Parques, amigo de Henao; Joicer Hernández Muñoz, autor material del homicidio y Zuan Naiduth López, esposa de Hernández, quien trabajaba como guía turística y había sido contratada por Jesús Henao para atender las reuniones que periódicamente sostenía Zapa con funcionarios de regalías y contratistas. Atendió el almuerzo el mismo día en que fue asesinado Zapa.
Durante el proceso se han presentado dilaciones por parte de los abogados de ambas partes. Inicialmente los apoderados de los familiares de Zapa Pérez renunciaron al caso por amenazas en su contra.
De allí en adelante las «artimañas» de los abogados de los acusados lograron retrasar las audiencias. Posteriormente también por amenazas los familiares de la víctima debieron salir de Monteria y de Cereté donde residían los padres del mismo.

La petición de la misma Fiscalía, específicamente del fiscal 48 de la Unidad de Derechos Humanos, Carlos Pión Mayorga, de declarar una ruptura procesal y de separar el proceso en dos, uno por la desaparición forzada de Zapa Pérez y otro por homicidio dilató los avances en la investigación toda vez que la propuesta no fue acogida por la juez del caso.
Después de un sinnúmero de apelaciones, recursos, decisiones de jueces de garantías y revisiones de magistrados de la Sala Penal del Tribunal Superior de Montería. Los magistrados se declararon impedidos para conocer la apelación.
Ahora tres conjueces decidirán si se rompe la unidad procesal ya que el testigo clave cambió su versión y la captura del fiscal Gustavo Moreno deja aún más enredado el proceso. y dejaría en duda la participación de Lyons en el crimen que hasta ahora la justicia no ha podido resolver pero sí dejaría en evidencia que el homicidio de Zapa sería otro de los casos por los cuales se estuviera extorsionando al exgobernador.